Dział Księgowości (DK) prowadzi ewidencję księgową wszystkich operacji gospodarczych Instytutu; rozlicza koszty i sporządza kalkulacje wynikowe dla wszystkich komórek organizacyjnych; współpracuje z bankiem; prowadzi kasy IŁ; rozlicza delegacje krajowe i zagraniczne; sporządza sprawozdawczość dla GUS i innych organów państwowych; rozlicza podatki, prowadzi analizy i sprawozdawczość zarządczą.